Pierre Paul Émile Roux est un médecin, bactériologiste et immunologiste français, né le 17 décembre 1853 à Confolens (Charente) et mort le 3 novembre 1933 à Paris. Il fut un des plus proches collaborateurs de Pasteur (1822-1895), et fonda avec lui l'Institut Pasteur ; il découvrit le sérum antidiphtérique, la première thérapie efficace contre cette maladie.
Sa famille, tant du côté de son père que du côté de sa mère, est originaire de Confolens. À la mort de son père, principal du collège de Confolens, le jeune Émile Roux est élevé par sa sœur aînée et son mari. Il étudie à Aurillac et au Puy-en-Velay. Il obtient son baccalauréat à Clermont-Ferrand en 1871. Il obtient sa licence ès sciences en 1871 et commence, en 1872, à étudier à la faculté de médecine de Clermont-Ferrand. Il travaille d'abord comme étudiant-assistant en chimie à la Faculté des sciences, sous la direction d'Émile Duclaux (1840-1904). De 1874 à 1878, il poursuit ses études à Paris, où il est admis comme assistant clinique à l'Hôtel-Dieu. De 1874 à 1877, il est élève à l'École militaire du Val-de-Grâce, mais doit la quitter pour n'avoir pas présenté sa thèse en temps voulu. Roux est renvoyé de l'armée en 1877.
En 1878, il commence à travailler comme assistant à la Sorbonne au cours sur la fermentation que donne son patron Duclaux, qui le recommande à Louis Pasteur, qui cherchait des assistants. Il travaille alors au laboratoire de Pasteur comme assistant de recherche de 1878 à 1883 à l'École normale supérieure de Paris, ses recherches étant axées sur l'origine microbienne des maladies. Il dédie ainsi toute sa vie à l'étude des microbes et des maladies infectieuses.
En 1916, il s'installe dans un petit appartement de l'hôpital Pasteur. Il y meurt le 3 novembre 1933. Le 9 novembre ont lieu ses funérailles nationales.
Il étudie également avec Pasteur la maladie du charbon (1879-1890), et participe à l'expérience célèbre de Pouilly-le-Fort, expérience publique de vaccination d'animaux contre le charbon.
En mai 1881, à Pouilly-le-Fort, près de Melun, Pasteur réalise une grande expérience de vaccination contre le charbon sur 50 moutons. Il prépare deux lots de 25. Le premier lot reçoit, à 15 jours d'intervalle, deux injections de vaccin anti-charbonneux préparé par Pasteur et ses collaborateurs. Puis les deux lots reçoivent une injection de culture vivante de bacille charbonneux. Tous les animaux non vaccinés meurent. Tous les vaccinés survivent. Pasteur, qui n'est pas médecin mais chimiste, est désormais célèbre.
En 1883, Roux présente sa thèse de doctorat, intitulée Des nouvelles acquisitions sur la rage, Paris, où il décrit les recherches qu'il mène avec Pasteur sur ce sujet depuis 1881, et qui devaient conduire à la première vaccination contre cette maladie redoutable. Roux est alors reconnu comme un expert dans les sciences nouvelles qu'étaient la microbiologie médicale et l'immunologie.
Avec d'autres assistants de Pasteur, Edmond Nocard (1850-1903), Louis Thuillier (1856-1883) et Isidore Straus (1845-1896), il se rend en 1883 en Égypte, pour y étudier une épidémie de choléra humain. Ces chercheurs échouent cependant dans leur tentative d'isoler le germe responsable de cette maladie, lequel ne devait être découvert que plus tard à Alexandrie par le médecin allemand Robert Koch (1843-1910) (Il s'agissait en fait d'une redécouverte, car l'agent du choléra avait déjà été isolé en 1854 par Filippo Pacini)
En 1888, il publie avec Alexandre Yersin (1863-1943) le premier de ses travaux classiques sur l'origine de la diphtérie, due au bacille de Klebs-Loeffler, maladie alors très fréquente et mortelle, particulièrement chez les enfants. Loeffler avait pressenti que le bacille produisait son effet par une toxine, mais n'avait pas isolé cette toxine, ce qui fut l'œuvre de Roux et Yersin. Il s'agissait d'ailleurs de la première toxine isolée dans l'histoire de la microbiologie. Roux en étudie les propriétés et commence en 1891 à mettre au point un sérum efficace pour traiter la maladie, après qu'Emil Adolf von Behring (1854-1917) et Shibasaburo Kitasato (1852-1931) ont démontré qu'il était possible de produire chez des animaux des anticorps contre la toxine diphtérique. Roux, Martin et Chaillou testèrent l'efficacité thérapeutique du sérum antidiphtérique sur des enfants à l'Hôpital Trousseau et à l'Hôpital des Enfants-Malades. Le résultat fut 316 morts sur 520 traités par les méthodes classiques, contre 109 morts sur 448 traités par le sérum. Ce succès valut à Émile Roux d'être salué comme héros de la science dans les congrès médicaux partout en Europe.
15 novembre 1913, 25e anniversaire de l'Institut Pasteur, cortège officiel, William Martin, Emile Roux, Raymond Poincaré, René Vallery-Radot et Antonin Dubost
En 1883, et pendant les quatre années qui suivent, Émile Roux est très impliqué dans la création de ce qui devait être l'Institut Pasteur, et il partage son temps entre la recherche biomédicale et ses devoirs administratifs. En 1888, année importante dans sa carrière, il accepte le poste de directeur des services, et entre au conseil de rédaction des Annales de l'Institut Pasteur. Dans le même temps, il crée le premier cours régulier sur la technique microbiologique, qui devait avoir une influence considérable dans la formation aux maladies infectieuses d'un grand nombre de chercheurs et de médecins français et étrangers voués à la célébrité.
Dans les années suivantes, Roux se dépense sans compter dans un grand nombre de recherches sur la microbiologie et l'immunologie pratique du tétanos, de la tuberculose, de la syphilis et de la pneumonie. En 1903, il reçoit le prix Osiris, dont il reverse le montant de 100 000 francs à l'Institut Pasteur.
En 1904, il est nommé directeur général de l'Institut Pasteur (à l'ancien poste de Pasteur). Durant la Première Guerre mondiale, il est au Conseil d'hygiène de l'armée. Il est le président d'honneur du Congrès de chirurgie de 1922.

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